SMK Muhammadiyah Loa Janan Kab. Kutai Kartanegara Prop. Kalimantan Timur didirikan berdasarkan SK Kepala Dinas Pendidikan Kab. Kutai Kartanegara Nomor. 420/09/DP.II/X/2003 tanggal 17 Oktober 2003, dan Jurusan yang dibuka Mekanik otomotif dan Geologi Pertambangan.

Searah dengan perkembangan dan tuntutan kebutuhan Stakeholder, kemudian pada tahun pelajaran 2006/2007 dibuka Program Keahlian Teknik Komputer dan Jaringan serta pada tahun pelajaran 2011/2012 dibuka Program Keahlian Teknik Otomotif Alat Berat. Pada tahun pelajaran 2014/2015 kembali di buka Progaram keahlian Teknik Otomotif Sepeda Motor.